Bokura ga ita relata la historia de amor entre dos chicos de instituto, Yano Motoharu y Takahashi Nanami. Es el segundo dia de instituto y Nanami intenta buscar amigas nuevas e intentarse llevarse bien con su compañera de pupitre, Yamamoto Yuri. Yuri odia a Motoharu y Nanami no sabe por que, esta ultima piensa que los dos tenian algun tipo de contacto antes, tal vez algo mas que simple compañeros en su anterior escuela, es cuando Nanami, por medio del amigo de Motoharu, Takeuchi, que Motoharu antes tenia una novia a la cual amaba de verdad... la hermana de Yuri que fallecio el verano pasado. Es asi como Nanami va conociendo mas cosas de Motoharu y se van enamorando.